Становление и развитие музея этнографии и природы Горной Шории (МЭПГШ) сыграли весомую роль в сохранении историко-культурного наследия и возрождении современной этнической культуры шорского народа. Деятельность музея связана с современными общественно-политическими и этнокультурными процессами шорцев, а его предыстория - с итогами первых двух научно-практических конференций по проблемам развития шорского этноса во II половине 80-х годов.
В то время начинался современный период возрождения традиционной культуры и национального самосознания. Свою роль в этом зарождающемся движении сыграла 1-я научно-практическая конференция, состоявшаяся в апреле 1986 года, посвященная 60-летию образования Горно-Шорского национального района. Научное совещание рекомендовало расширить тематику будущего музея истории горнорудного объединения «Сибруда» (инициатива его создания была одобрена партийными и советскими органами г. Таштагола в середине 80-х гг.) и создать музей истории Горной Шории.
Официальное решение о создании музея было принято Таштагольским горкомом партии в декабре 1987 г. Однако, ещё почти 2 года музей существовал только на бумаге. Следующим мощным толчком к созданию музея явилась вторая научно-практическая конференция «По проблемам социально-экономического и национально-культурного развития Горной Шории», которая состоялась 12-13 июня 1989 года в г. Таштаголе. Надо отметить, что её подготовили и провели Таштагольский горком КПСС, горисполком совместно с КемГУ на волне активного развития национально-культурного движения шорского народа за возрождение, сохранение и развитие языка, письменности и традиционной культуры. Один из пунктов рекомендаций конференции звучал так: «Конференция считает необходимым решить вопрос об открытии музея шорской истории и культуры в г. Таштаголе и его строительстве на спонсорских началах».
В этом же году под музей было отдано помещение в пристройке к жилому дому, которое ранее планировали как магазин. Директором музея была назначена Шихалёва Надежда Алексеевна, которую по праву можно считать и основателем музея. И с этого момента началось создание научно-художественной концепции музея и практическое претворение её в жизнь. В основу концепции построения экспозиции положено два направления: историзм – стремление понять прошлое - и этнографизм – усилия, направленные на сохранение настоящего. Научное и художественное проектирование разрабатывались параллельно. Такой подход обеспечивал единство экспозиционного языка и использование всей экспозиционной площади как единого целого. В процессе создания музея сама экспозиция рассматривалась как уникальное произведение. Таким образом, экспозиция была превращена в образное пространственное зрелище, обращенное в равной мере к интеллекту и к эмоциям посетителя. В структурном отношении экспозиция представляет собой ряд последовательных комплексов, в которых виды хозяйственной деятельности показаны в связи с природным циклом.
Сложность и важность этого периода заключались в том, что музей стал практически экспериментом по созданию музейной экспозиции на принципах современного подхода к художественному оформлению. В это же время шло наиболее активное формирование фондов музея. С этой целью с 1990г. по 1994г. состоялось 18 этнографических экспедиций на территориях Таштагольского, Мысковского и Междуреченского районов в Кемеровской области, а также Хакасии.
Эти многочисленные экспедиции явились главным источником создаваемых фондов. Предметы быта, орудия труда шорцев поступали из местных школьных музеев, краеведческих уголков, от участников ансамбля «Чылтыс» и просто частных лиц. Но самый большой приток экспонатов в музей обеспечили его работники (Е.И. Иптешева, В.И. Кушнир, Н.А.Шихалева и др.) и члены этнографического кружка при Таштагольской станции юных туристов (директор Старкова Е.И.). Собранные экспонаты послужили основой для создания первой в России музейной экспозиции, полностью посвященной материальной и духовной культуре шорцев.
Кроме сбора и хранения этнографических и других коллекций, музей с момента основания активно осуществлял свою культурно-просветительскую функцию. Эта функция помимо всего предполагала и сотрудничество с общественными организациями шорского народа. В 1990 году представители музея приняли активное участие в работе 1-го съезда Ассоциации шорского народа (АШН), благодаря их усилиям первым президентом Ассоциации был избран заместитель председателя Таштагольского горисполкома по национальным вопросам ГГ. Челбогашев.
Совместно с национально-культурным центром «Кызыл Шор» г. Таштагола (председатель В.И. Ачелов), созданным в 1989 году, в выставочном зале строящегося музея устраивались выставки, популяризующие творчество шорских художников, таких, как Яков Пепелов, Любовь Арбачакова (Тудегешева), Вадим Бекренёв. Временные экспозиции традиционной культуры шорцев проводились как в музее, так и за его пределами: на городских и областных национальных праздниках. Музей тесно сотрудничал с шорским фольклорно-этнографическим ансамблем «Чылтыс». Культурно-просветительская работа уже в тот период выходила за рамки обычных музейных функций. Об этом свидетельствовали такие формы культурного просвещения, как подготовка и проведение районных и областных национальных праздников, составление сценариев и постановка театрализованных обрядов с участием актеров самодеятельных ансамблей, участие в городских молодежных мероприятиях: КВНах, конкурсах красоты «Кен Кыс» и других.
Таким образом, в I половине 90-х гг. параллельно со строительством музейной экспозиции шел процесс формирования музея как единственного культурно-просветительского центра на юге Кузбасса с музейной спецификой. Этот центр важного общественного значения стал одним из национальных подразделений в создаваемой структуре общественно-культурного движения шорцев.
Создание музейной экспозиции завершилось торжественным открытием музея 5 мая 1995 года.