После открытия в истории музея можно выделить следующие этапы:
- 1995-2000 гг. - становление научно-исследовательской работы, комплектование фондов, активная экспозиционная деятельность и развитие музея как культурно-просветительского центра в южной Шории. На этом этапе получили развитие творческие формы культурно-просветительской деятельности: театрализованные экскурсии, передвижные временные выставки с участием шорского народного ансамбля «Чылтыс».
Особенной популярностью в те годы пользовалась экспозиция «Традиционные религиозные верования шорцев», с которой музей успешно выступил на международной музейной выставке «Красноярские Музейные Биеннале» в 1995 году в г. Красноярске. Музей участвовал в реализации проекта выставки Новокузнецкого художественного музея «Томь. 2000 лет на берегу. 200 текстов культуры» (главный хранитель Л.Н. Кияницына), который стал лауреатом Всероссийского конкурса института «Открытое общество». Также сотрудники МЭПГШ Л.Н. Кияницына и Е.И. Иптешева выступали с выставкой на Московском международном музейном фестивале «Интермузей-99». В 1997 году директором музея Шихалевой Н.А. было положено начало сувенирному делу в Горной Шории - при музее открылся художественный салон, где выставлялись и реализовывались изделия местных художников и мастеров ДПИ на этническую тематику, отражающие национальное своеобразие Горной Шории.
- 2001-2005 гг. - развитие научно-исследовательской, экспозиционной и культурно-просветительской деятельности, работа по возрождению духовности среди шорцев, участие в общественно-политическом движении. Музей активно участвовал в дискуссиях о путях духовного развития шорского народа, выступил аналитиком ситуации в сфере духовных исканий шорцев и автором идеи возрождения и сохранения традиционного мировоззрения шорцев. Развернулась в краеведческих экспедициях работа по подготовке и проведению культовых обрядов при активном участии ансамбля «Чылтыс». Была также разработана «Программа сохранения шорского народа как этноса». Одновременно шла работа по увеличению музейных фондов.
Наиболее ярким и успешным событием на данном этапе являлась выставка «Традиционная культура шорцев», которую музей представлял на Всероссийском музейном фестивале «Интермузей 2003»;
- 2005-2008 гг. - велось совершенствование экспозиционной и культурно-просветительской деятельности. Особенностью этого этапа являлось выполнение музеем функций общественного центра коренного населения Таштагольского района. В сентябре 2005 года музей участвовал в проекте «Дары лесов Горной Шории» и международной выставке-форуме в г. Москве «Дары леса. Культура пользования».
18 декабря 2005 года музей организовал конкурс по созданию гимна, флага и эмблемы ОО «Таглыг Шор», ставший одним из значимых событий на новом этапе современного этнокультурного развития шорского народа. ОО «Таглыг Шор», получила собственную представительскую символику.
В феврале-апреле 2006 г. коллектив музея участвовал в работе по сохранению традиционных промыслов коренного населения, подготовил и провёл выставку-продажу «Дары лесов Горной Шории» на горе Зеленой. На этом этапе музейные фонды пополнились архивом «Ассоциации Шорского народа» с 1991 по 2006гг. и многочисленными фотографиями по традиционной и современной этнографии шорцев.
Идея территориально-общественного самоуправления шорцев была реализована сотрудниками музея и ОО «Таглыг Шор» в ходе социально-этнографической экспедиции. Во всех крупных шорских поселках состоялись сходы коренного населения, где были избраны паштыки (старосты). Так был введен институт паштыков. В целях их обучения коллектив музея и ОО «Таглыг Шор» при поддержке администрации Таштагольского района провел в августе 2007 года семинар паштыков на тему «Общины как эффективные формы самоорганизации шорцев». Здесь родовые общины были определены как самые эффективные, т.к. шорский сеок (род) является носителем хозяйственных, культурных и религиозных традиций и обычаев народа. Семинар паштыков, в силу широкого круга представленных на нем актуальных вопросов по проблемам шорского этноса и состава участников (доктор исторических наук А.Н. Садовой и доктор биологических наук В.Г. Дружинин), может быть приравнен к научно-практической конференции. Был издан сборник выступлений участников семинара в форме информационного бюллетеня.
В 2008 году музей представлял Кузбасс на III международной выставке-ярмарке «Северная цивилизация-2008» в г. Москве;
- 2009 – 2011 гг. - этап назревшей реконструкции музейной экспозиции. Были оформлены диорама и витрина по теме «снежного человека», благодаря уникальным материалам, приобретенным у руководителей археологической экспедиции в п. Усть-Кабырзу Ю.В. Ширина и В.М. Кимеева, создана экспозиция по археологии Горной Шории с реконструкцией погребения «Кабырзинская принцесса». В июне 2010 года после реконструкции принял посетителей зал «Духовная культура шорцев».
Достижением этого этапа стал капитальный ремонт в фондохранилище. Были произведены работы по устройству новых полов, потолков, дверей, по отделке стен и фитолаборатории. И как итог – современный дизайн, новое оборудование для хранения и порядок в помещении фондохранилища.
В 2011 году были проведены летние экспедиции. Собирательская деятельность охватила 14 населенных пунктов, и в результате музейные фонды увеличились на 114 предметов этнографии;
- С 2012 года идёт этап активных этнографических и археологических исследований Горной Шории и усилий по расширению фондовых и экспозиционных площадей музея и этническому оформлению примузейного уличного пространства. В 2013 году создаётся и действует ландшафтно-этническая композиция «Хозяева Шории» на территории, прилегающей к музею.
Также ведущими направлениями в работе музея остаются культурно-просветительская и экспозиционная деятельность.
Ежегодно музей организовывает и проводит «Музейные ночи» с разнообразными и насыщенными программами, детский районный праздник «Чыл пажы». Практикуются реконструкции семейно-бытового обряда «Шорская свадьба» по заявкам желающих, а также религиозных шаманских обрядов. В 2016 году, впервые в современной этнической культуре шорцев, состоялась реконструкция обряда «Сватание бубна» по полевым материалам Н.П.Дыренковой.
В 2016 году музей проводит межрегиональный конкурс по созданию флага и эмблемы для всей «Ассоциации шорского народа». В результате у Ассоциации появляется своя долгожданная представительская символика.
Музей постоянно увеличивает количество временных выставок. В 2016 году, как и в 2017-м, музей достиг рекордной цифры – 40 выставок за год и неимоверных показателей – 8 выставок на одного сотрудника.
За последние 5 лет в музей поступили 5400 экспонатов (эта цифра предварительная). Музейных предметов стало почти в 2 раза больше. Но этот хороший показатель работы усугубил давнюю проблему – проблему острого недостатка площадей в музее.
Непозволительная теснота, скученность экспонатов являются грубым нарушением инструкции по хранению музейных фондов. Нет условий для хранения картин. Часть их находится в открытом хранении в служебных кабинетах, в коридоре и т.д.
При проведении просветительских мероприятий выход на аудиторию ограничен опять же из-за нехватки площади. Как правило, фойе и залы переполнены гостями, зачастую возникает скученность, что мешает восприятию программы и является нарушением техники безопасности при проведении массовых мероприятий.
Стационарная экспозиция по шорцам, русским староверам и археологии края работает с 1993 года. 4 года назад проведена её частичная реконструкция. Но жизнь идёт вперёд и диктует новые условия - нужны новые музейные экспозиции. Для этого необходимо расширить площади музея.